所謂「得志則禍天下，委伏則亂鄉黨」，周嘉謨就是這樣的一個狠人，無論居廟堂之高，還是處江湖之遠，處處都將天門人鬥勇鬥狠的一面，表現的淋漓盡致。明宮三案–梃擊案、紅丸案、移宮案，牽涉到萬曆、泰昌、天啟三代皇帝，但是以朱常洛為軸心人物。「梃擊案」梃擊的就是太子朱常洛，「紅丸案」吃了紅丸的也是朱常洛，「移宮案」則是朱常洛的寵妃西李選侍居占乾清宮。神光熹交替期間，圍繞帝位傳承發生紅丸、梃擊、移宮三大案，震動天下。「明末三大疑案」，恰好全部與周嘉謨有關，幾乎整個三案都在他的影子在，隱操政局，魑魅魍魎，都在掌握之中。
明末的黨爭，在歷史上最為激烈、驚心。黨爭的題目，在歷史上也最為複雜、大膽。明代宮廷「三案」，經過本甚簡單，被黨派利用，作為爭鬥的題目，竟變得十分難解。周嘉謨是東林黨人和楚黨的要角，他無疑是其中扮演戲份最多、份量最重的一個角色。作為對手的二黨派，均欲藉此題目，鞏固自己，打擊對方。於是，出現《三朝要典》的編毀。但其結果，消耗了二黨派的實力，也結束了二黨派的爭鬥。
黨派的形成與黨爭
明代黨爭起源甚早，但黨派的形成卻始於神宗萬曆中，究其原因，與明代大變宰相制度，以及廣辟言路，更重「台諫」頗有關係。明代自洪武十三年（1380）罷丞相不設，析中書之務歸於六部，六部尚書並為國家最高行政長官。當時，殿閣大學士只有五品，作為君主的秘書，並無太大權力。稍後，大學士逐漸干政，成為真宰相。當時，為「避宰相之名，又名內閣」（《明史·職官一》），確立了所謂內閣制。大學士以五品之資，奪六部之權，自然不為百官所喜。「其時端揆之地，遂為抨擊之叢」（《明史》卷 230 傳讚）。內閣為了控制百官，不得不組黨；百官為了對付內閣，亦不得不結派。二者最值得拉攏的，便是所謂「台諫」之官。明代本重言路，史稱：「明自太祖開基，廣辟言路，中外臣寮，建言不拘所職，草野微賤，奏章鹹得上聞。」（《明史》卷 164 傳讚）又稱：「雖昇平日久，堂陛深嚴，而逢掖布衣，刀筆掾史，抱關之冗吏，荷戈之戍卒，朝陳封事，夕達帝閽，採納者榮顯其身，報罷者亦不之罪。」（同前）作為職掌進言的「台諫」之官，理應更受重視。所謂「台諫」之官，專指監察官員。明代監察機構有二：一為都察院，設都御史、副都御史、僉都御史、監察御史，主糾察內外百官，「或露章面劾，或封章奏劾」（《明史·職官二》），權力甚大；一為六科給事中，主糾察六部，或封還章奏，或駁正制敕，權力亦橫。至明後期，內閣、百官、「台諫」交叉組結，「群臣結黨，門戶以成，而台諫遂為黨之眉目」（對之誠《中華二千年史》卷 5 上「明代之黨爭」條）。當時，「黨」甚多，「派」卻大致有二：
一為東林黨派。
萬曆中，無錫人顧憲成罷官居家，與弟允成重修邑東故東林書院，偕同志講學其中，該黨派因此得名。其代表人物有趙南星、李三才、顧憲成、高攀龍、王元翰、沈鯉等。該黨派仿東漢末年的「月旦評」，諷議朝政，裁量人物，自命「清流」，基本屬於「野黨」。
二為齊、楚、浙、宣、昆五黨派。
齊黨以給事中亓詩教（萊蕪人）為代表，楚黨以給事中官應震（黃岡人）、吳亮嗣（廣濟人）為代表，浙黨以給事中姚宗文（慈谿人）、御史劉廷元（平湖人）為代表，宣黨以祭酒湯賓尹（宣城人）為代表，昆黨以諭德顧天埈（崑山人）為代表。其中浙黨之魁「四明宰相」沈一貫當政久，權勢大，故五黨常以浙黨為首。此五黨志同道合，均「以攻東林，排異己為事」，始終為一派。其成員多為實權人物，後又多投奔宦官魏忠賢門下，基本屬於「朝黨」。
周嘉謨做為楚黨要角，其來有自，他是隆慶元年（1567 年）丁卯科鄉試第六十四名中舉，隆慶五年辛未科（1571 年）會試中試，廷試列第二甲第二十八名成進士。他踏上仕途的時候，「萬曆新政」如火如荼，江陵同鄉、內閣首輔張居正權傾朝野，在朝為官的楚地人（張居正的湖廣同鄉），大多身居要職。嘉謨本是張居正的門生，加上才識出眾，當年八月，被選為戶部山東司主事，萬曆四年（1576 年）六月升任山西司員外郎，次年正月再次升任貴州司郎中。
在地方的歷練中，周嘉謨時時表現了他狠的一面，萬曆十年，嘉謨被擢升為四川提刑按察使司副使、分巡瀘州（分管瀘州的按察分司）。有個名叫楊騰霄的大惡人，在瀘州為害多年，嘉謨窮追不捨，將他緝拿歸案，依律治罪，當地人都拍手稱快。第二年，兼任建武守禦千戶所（故址在今宜賓市興文縣）總兵，嚴令各級軍官不得剋扣糧餉，士兵們十分感激。萬曆十二年冬天，建武所的新任總兵沉思學激起兵變，總兵官署被士兵們縱火燒毀，沉思學倉皇出逃。嘉謨得到飛報，隻身趕往那裡，有賴於此前的信任基礎，通過談判順利平息了事件。
萬曆十四年春，嘉謨兼任安綿兵備道（行轅在今四川閬中市，兵備道通常由按察司的副使或僉事充任，負責分理軍務，監督軍隊，管理兵馬、錢糧和屯田，維持治安等。），撫定了白草等部落的騷亂，負責為松潘平叛之戰運輸士兵、調集糧餉，由於嘉謨部署周密、令行禁止，連一貫驕橫的播州宣慰使楊應龍及其部下也不敢妄動。此後，曾暫代按察使之職，建昌（治所在今四川涼山州西昌市）再次爆發少數民族叛亂，又先後改任建昌兵備道、上川南分守道（駐雅州，今雅安市），督辦建昌、越巂、邛部三路兵馬的糧餉。
萬曆三十四年（1606 年），擢升為四川左布政使；三十六年，又加右副都御史銜，出任雲南巡撫，成為封疆大吏。雲南是多民族雜居之地，此時剛剛經歷了長時間戰亂，人心未定，生計艱難，「斗米至三錢」，嘉謨決意「與民休息」，輕徭薄賦。他獲悉很多人因為失去土地才淪為盜賊，就把一些世襲豪強霸占的田地收歸官府，發放給百姓。隴川土官（今雲南省德宏州隴川縣）宣撫使多安民率眾反叛，逃入緬甸，把據點設在蠻灣。嘉謨帶兵進剿，生擒多安民，任命他的弟弟多安靖為新的宣撫使，平定了這場叛亂。萬曆皇帝加封他兵部右侍郎的官銜，仍舊擔任巡撫。世襲鎮守雲南的黔國公沐昌祚侵占了百姓的田地八千多頃，其孫子沐啟元貪橫暴虐，嘉謨上奏朝廷彈劾他們，許多百姓得以重見天日。
嘉謨上任之初，雲南布政使司庫銀僅有五千餘兩，撫滇五年，到離任時，庫銀有十五萬之多，他說這是「節年地方安靜、節省所致」。萬曆四十一年（1613 年），朝廷升任嘉謨為兩廣總督，總管廣東和廣西兩省的軍務與民政。廣西有部落首領勾結安南（今越南）的軍隊進犯內地，周嘉謨領軍擊退了他們。四十四年，粵東一帶的南海、番禺、三水、高要、四會、高明等地洪水暴發，嘉謨組織修建堤壩，強化河岸，治水頗有成效。
在萬曆朝晚期，神宗皇帝荒於朝政，齊、楚、浙三黨明爭暗鬥，各自為政，官員的選拔與考核，居然連負責官員任免的吏部都不能作主。周嘉謨執掌吏部後，任人唯「黨」。光宗、熹宗相繼登基之際，嘉謨大舉起用黨徒，三黨的魁首和結黨營私，朝廷的風氣唯黨是從。嘉謨以績效考核為大棒，用守、才、心、政、年、貌六個方面，要求今後的考核評語務必實事求是，不得含糊其辭，大肆攬權。
癸巳大計主要由吏部尚書孫鑨、考功郎中趙南星等主持。他們本欲澄清吏治，但因所斥多為政府親舊，為首輔王錫爵等人票旨，均遭罷免；高攀龍、顧憲成等亦因黨同孫、趙，先後被斥為民。此後，顧憲成、高攀龍等講學東林，癸巳大計成為加速東林黨形成的重要事件。而「門戶之禍，堅固而不可拔，自此始也」（文秉《定陵注略》卷 3）。乙巳大計主要由吏部侍郎楊時喬（時代署部事）、都御史溫純主持，二人均是東林黨的中堅人物。但因所斥多出首輔沈一貫門下，一貫大慍，密言於上，留中不下，乙巳大計亦以東林失敗告終。辛亥大計，北由秦黨吏部尚書孫丕揚主持，南由齊、楚、浙黨吏部侍郎史繼偕等主持。
當時東林黨與秦黨聯手，故北察所斥悉為齊、楚、浙、宣、昆五黨人；南察則凡助東林者，悉斥之。丁巳大計主要由吏部尚書鄭繼之、刑部尚書兼署都察院李鋕主持。此二人均屬浙黨。浙等五黨派遂藉此大斥東林黨派，史稱「正人屏逐殆盡」（同前卷 10）。癸亥大計主要由東林黨人左都御史趙南星主持。為報復丁巳大計，南星盡逐齊、楚、浙、宣、昆五黨人。
可見二大黨派的爭鬥，並無特別的是非，而且互有勝負，成相持不下之局。雙方都為徹底擊垮對手，尋找具有大是大非的題目。在這種情況下，「三案」被特別渲染，成為新的爭鬥焦點。
「三案」的經過及其被利用
所謂「三案」，指發生在神宗萬曆四十三年（1615）的「梃擊」、光宗泰昌元年（1620）的「紅丸」及光宗、熹宗易代間（1620）的「移宮」三大案件。其大致經過如下：
挺擊案
萬曆四十三年五月四日傍晚，有一名張差的男子，持梃（棗木棍）突闖太子所居的慈慶宮，打傷守門內侍，至前殿簷下，被內侍韓本用等擒獲。太子奏聞。經巡城御史劉廷元訊問，認為他「跡似瘋顛，貌實黠猾」。移刑部，再經郎中胡士相等訊問，欲以「瘋顛」結案。刑部主事王之宷懷疑，私詰之，套出隱情，請求覆審。經刑部會十三司司官覆審，證實張差系受鄭貴妃宮內太監龐保、劉成等指使，意在不利太子。朝野對此議論紛紛，懷疑出於鄭貴妃授意。神宗心動。貴妃大窘，乞求太子解救，神宗遂不再深究。不久，劉成、龐保、張差被誅，此案草草了結。
紅丸案
萬曆四十八年（1620）七月一日，神宗死。八月一日，光宗即位，改元泰昌。十日，光宗染痢疾。中官崔文升進洩藥，病由此加重。時鴻臚寺丞李可灼進紅丸，稱仙丹。二十六日，光宗召閣臣方從哲、劉一燝、韓爌等商量後事，聞李可灼有藥，即命宣進。諸臣皆不敢勸服。李可灼便先服一丸，光宗隨後亦服一丸，感覺頗舒暢。諸臣退，光宗又服一丸。九月一日，天未明，光宗突然駕崩。
移宮案
光宗初即位，鄭貴妃尚居乾清宮。鄭貴妃恐光宗銜舊怨，獻媚於光宗所寵李選侍，請立為皇后，遷到乾清宮。李選侍也請晉封鄭貴妃為皇太后。經朝臣力爭，光宗僅封李選侍為貴妃。鄭貴妃未晉封，遷慈寧宮。九月一日，光宗死，李選侍居乾清宮。大臣劉一燝、周嘉謨及御史楊漣、左光斗等恐李選侍挾太子（即熹宗朱由校）以干政，乃擁太子出居慈慶宮，並以李選侍非皇后，不能居乾清宮為由，請李選侍移宮。在熹宗即位的前一日（九月五日），劉一燝、韓爌、方從哲等又立宮門力請，李選侍不得已，移居噦鸞宮。
「三案」經過均不複雜，本身亦不涉及任何黨派。但若加以渲染，為黨派所利用，情況就不同了。案件始末，紀傳互見。在這案各有一個幕後的推手，即紅丸案之韓爌、梃擊案之陸夢龍、移宮案之周嘉謨。而周嘉謨在三案中，時隱時現，或偶露崢嶸，或直接到前台，是三案的中心人物。這三個案子看起來，是皇帝家裡頭的事，但是，皇宮無小事，其意義早已超越了「宮案」本身。三大案是有明一代政局的轉折點，所是中國歷史的拐點，影響後世既深且鉅。如周嘉謨傳復記光宗疾病，意味深長。陸夢龍傳記會訊張差情形，唯妙唯肖，讓人慨嘆。
先說梃擊一案。梃擊一案的功臣王之宷因此案被劾，直至熹宗滅啟中才復官，隨即上《復仇疏》追究責任，認為梃擊事關皇位繼承，而外戚鄭國泰私結劉廷元，曲蓋奸謀，並指使胡士相朦朧具詞，以「瘋顛」結案，實屬大逆不道！並謂其事有內應、有外援，牽連浙黨姚宗文等人。稍後，齊黨楊維垣又翻梃擊之案，認為張差瘋顛本屬實情，力詆之宷過於多事，由此引起二黨派的大爭吵。
次說紅丸一案。首先發難的是御史王安舜。光宗死後，閣臣方從哲以李可灼治診有功，擬遺旨賞以銀幣。王安舜等則上書彈劾從哲「輕薦狂醫，又賞銀以自掩」（《明史·方從哲傳》）。從哲旋遭罷斥。由於從哲時為浙黨之魁，東林黨人孫慎行、魏應嘉、高攀龍等不肯善罷甘休，又先後上疏，繼續追究，要求坐從哲弒逆之罪。而大學士韓爌等則以當事人身份述進藥始末，力求淡化，並替從哲辯白。二黨派為此又進行了大搏鬥。
再說移宮一案。首先發難的是御史賈繼春。泰昌皇帝朱常洛去世之後，東林黨強迫鄭貴妃（萬曆皇帝妃嬪）和李選侍（泰昌皇帝妃嬪）移宮居住，讓她們妄圖控制天啟皇帝的夢想成空，這就是東林黨第三功：移宮案。時選侍李氏居乾清宮，吏部尚書周嘉謨等及御史左光斗疏請選侍移宮，己卯，選侍移仁壽殿。庚辰，即皇帝位。–《明史》·卷二十二·本紀第二十二·熹宗「移宮」，按照字面理解，就是從一個宮殿搬到另一個宮殿，現在看起來很簡單，但在當時，卻是朝廷大事。「移宮案」，包括「避宮」、「移宮」兩個階段。在這兩階段，周嘉謨都表現了他「狠」的一面。
先說「避宮」。話還是得從朱常洛說起。朱常洛有「東李」、「西李」兩位選侍。後宮向來等級森嚴，裡頭有皇后、皇貴妃、貴妃、嬪等等，選侍是比較低級的妃子。天啟皇帝朱由校的母親生下他之後不久就死了，朱由校及其同父異母五弟朱由檢，託付給西李選侍照管。西李為了控制朱由校，便要求他與自己同居一宮。後來天啟帝說：「選侍凌毆聖母，因致崩逝」，後「選侍侮慢凌虐，朕晝夜涕泣」。
泰昌帝即位後，朱由校和西李隨之移居乾清宮。西李得寵於泰昌帝，泰昌帝打算將她由選侍封為皇貴妃，但西李要求封為皇后。不久，泰昌帝駕崩，西李封后的夢想破滅了，便勾結心腹宦官魏忠賢，想利用朱由校年少，自己居乾清宮，覬覦垂簾，把持朝政。楊漣等到乾清宮哭祭，乾清宮門關著，大臣們排闥「撞開門，推門」而進，閹宦揮梃亂打。諸臣強入，哭靈之後，請見皇長子，皇長子被西李選侍阻於暖閣。
在這關鍵時刻，時任吏部尚書的周嘉謨，伙同大學士劉一燝、、兵科都給事中楊漣、御史左光斗等，疏請西李選侍不能與太子朱由校同住一宮，但西李選侍不肯移宮，甚至把朱由校禁閉在乾清宮。司禮監秉筆太監王安乘西李不備，將朱由校搶抱出，魏忠賢等太監追出來。朱由校的衣袍都被追趕的太監撕壞了。在周嘉謨的指揮下，閣臣劉一燝掖左，勛臣張維賢掖右，共擁朱由校登輿，抬到文華殿。西李派人來請朱由校回乾清宮，大臣們又把朱由校安排到慈慶宮。朱由校就這樣擺脫了西李等人的挾制，逃出乾清宮，住進慈慶宮。這件事情史稱「避宮」。
李選侍移宮時，宮內宦官以盜寶系獄，計無所出，妄言皇帝「薄待先朝妃嬪」，藉此搖惑視聽，搞亂是非。賈繼春信其言，遂上《安選侍書》，替李選侍鳴不平。東林黨人楊漣等因直接參與移宮，便針鋒相對，上言：「臣寧使今日忤選侍，無寧使移宮不速，不幸而成女後獨覽文書，稱制垂簾之事。」（《明史·楊漣傳》）熹宗不願背罵名，賈繼春遂被罷官。但不久，賈繼春依靠宦官勢力，重被起用。二黨派為此又展開大爭鬥。
移宮一案中，周嘉謨出爾反爾，先是聯合左都御史張問達、戶部尚書李汝華等大臣說：「慮皇長子無嫡母、生母，勢孤孑甚，欲共托之李選侍」。明明周嘉謨一開始斗膽講出不要步入武則天后塵的話，後面居然說可以讓李選侍繼續服侍朱由校，這明顯自相矛盾。唯一的解釋就是，東林黨內出現意見分歧。周嘉謨是東林黨人，他同意李選侍搬家，但是不同意李選侍搬到和朱由校分開的噦鸞宮住，這是他們幾個人重新商議的新對策。
周嘉謨傳云：外廷皆言貴妃進侍姬八人，致帝得疾。二十六日，嘉謨因召見，以寡慾進規。帝注視久之，令皇長子諭外廷：「傳聞不可信。」諸臣乃退。
陸夢龍傳云：明日，會訊，士相、永嘉、會禎、夢龍、梅、之寀及鄒紹先凡七人，惟之寀、梅與夢龍合。將訊，眾咸囁嚅。夢龍呼刑具三，無應者，擊案大呼，始具。差長身駢脅，睨視傲語，無風癲狀。夢龍呼紙筆，命畫所從入路。梅問：「汝何由識路？」差言：「我薊州人，非有導者，安得入？」問：「導者誰？」曰：「大老公龐公，小老公劉公。」且曰：「豢我三年矣，予我金銀壺各一。」夢龍曰：「何為？」曰：「打小爺。」於是士相立推坐起曰：「此不可問矣。」遂罷訊。夢龍必欲得內豎名。越數日，問達再令十三司會審，差供逆謀及龐保、劉成名，一無所隱。士相主筆，躊躇不敢下，郎中馬德灃趣之，永嘉復以為難。夢龍咈然曰：「陸員外不肯匿，誰敢匿？」獄乃具。
楊漣也是東林黨人，就以「天子寧可托婦人」為由堅決反對，移宮就要移得徹底，不允許以服侍的理由藕斷絲連，何況朱由校已經不是小孩子了，皇帝被養母侍奉，要被天下人笑話。內閣看著六部在爭論吵架，不好插手，首輔方從哲只能發表官腔，不急，一切可以從長計議，因為他都快自身難保了（紅丸案事件很快就要清算）。
可以看得出來，朝中有部分人是想對李選侍趕盡殺絕，有人覺得還有利用價值，所以周嘉謨持前後講話態度不一致，所以楊漣極力反對，要求回到最開始以絕後患的態度。關於「三案」之爭，當局者迷，旁觀者清。時人倪元璐曾指出：「主梃擊者力護東宮，爭梃擊者計安神祖；主紅丸者仗義之言，爭紅丸者原情之論；主移宮者弭變於幾先，爭移宮者持平於事後。數者各有其是，不可偏非。」（《明史·倪元璐傳》）此說被認為是持平之論。但倪元璐當恩怨未盡之時，所論仍有模稜兩可之嫌。實際上，「三案」之爭，屬於黨爭的繼續，本身亦無特別的是非。黨爭以宮庭案為題，在歷史上極為少見。這說明明末的黨爭，已到緊要關頭，離結束也不遠了。
《三朝要典》的編毀與黨爭的結束
在移宮案中，周嘉謨臨門一腳將魏忠賢送上了廠衛的大位，也搬起石頭砸了自己的腳。天啟元年，監察御史賈繼春獲罪，他的同僚張慎言、高弘圖上書為他辯解，熹宗打算將這兩人一同懲處。嘉謨多方營救，使慎言、弘圖後來只是被扣罰了俸祿。兵科給事中霍維華為了諂媚魏忠賢一伙，誣陷正直的司禮秉筆太監王安，將他迫害致死。嘉謨義利用每年例行的人事變動將霍維華調出京城。魏忠賢惱羞成怒，唆使刑科給事中孫杰彈劾周嘉謨與劉一燝串通一氣，為了王安之死報復霍維華，並且把經略袁應泰、登萊監軍道佟卜年在遼東的戰事失利歸咎於嘉謨。
天啟二年正月初十，周嘉謨抵達故鄉景陵幹灘驛。這一年，明朝在東北的最高軍事機關駐地廣寧衛（治所在今遼寧省錦州市北鎮市）淪陷於後金（滿清的前身）之手，嘉謨憂憤至極，上疏參劾兵部尚書張鶴鳴打壓熊廷弼、偏袒王化貞，導致大片領土遺失。天啟五年（1625 年）秋，魏忠賢的黨羽周維持再次彈劾嘉謨包庇王安，嘉謨因此被剝奪官籍，在長林豐草間打發日子。
《三朝要典》編於熹宗天啟六年（1526）正月，毀於思宗崇禎元年（1628）五月。其編有漸，其毀亦具影響。「移宮案」事件出現，本就是一個後宮權利交替的正常事，外廷需要一個管理者，後宮同樣需要一位管理者。當初張居正輔佐朱翊鈞，太后在後宮垂簾聽政，給足了張居正改革的時間，也給足了朱翊鈞成長學習的時間，使得大明王朝壽命續了幾十年。後宮的無主導致政治權利偏向一方，而不是朝堂、皇帝、後宮三足鼎立的制衡場面，魏忠賢才得以從壓制婦人的後宮走向了政治前端。
天啟之初，東林黨人因曾借移宮擁戴熹宗，頗受熹宗信任。趙南星以左都御史主持天啟三年癸亥大計，盡斥浙等五黨人。鄒元標為大理寺卿，亦令反對派側目。反對派自然不甘心失敗。後熹宗寵任宦官魏忠賢，浙等五黨中的部分成員，如顧秉謙、魏廣微、崔呈秀等，迅速投靠魏忠賢，成為閹黨。其它成員，也多與閹黨保持密切聯繫。天啟四年（1624）六月以後，「內外大權一歸忠賢」。忠賢於京師內閣、六部和四方總督、巡撫之中遍置死黨；死黨之中又有核心，號稱五虎、五彪、十孩兒、四十孫等。閹黨羽翼既成，便開始對東林党進行鎮壓。
在黨爭中，周嘉謨是東林與楚黨的雙料跨黨派人物，腳踏兩條船，但是當時黨派正在爭吵最熱火的時候，尤其是楚黨和東林黨，兩個黨派非要弄個你死我活。
周嘉謨是吏部尚書，也是楚黨關鍵人物，他掌握吏部，升職貶職大權在手上，而東林黨政治地位高，再加上得民心，兩個黨派把朝野弄得烏煙瘴氣。當時浙黨代表人物內閣首輔沈一貫早就退休，於 1615 年去世，後面的內閣首輔方從哲被清算時候罷官，如果不是內閣有人保他，估計要被殺頭，可以說撿了條命。
浙黨本身一家獨大，後來漸漸淡出內閣，地位有所下降，不過楚黨、齊黨一直在後面撐著這位老大哥，最後聯合一起搞東林黨。可以說方從哲被秋後算帳，和東林黨是有關係的，最後東林黨還是占據了上風，執掌政權，浙黨就投靠了閹黨，其他黨也陸續加入。
直到魏忠賢得勢，多黨聯合慫恿閹黨首秀魏忠賢去鎮壓東林黨，編造黑名單。比如《點將錄》、《天鑒錄》、《同志錄》、《雷平錄》、《剃裨錄》、《蠅蚋錄》、《蝗蝻錄》合稱「東林七錄」，魏忠賢興起黨獄，企圖將東林黨人一網打盡。
閹黨大規模鎮壓東林黨人共有兩次：
一次是天啟五年乙丑詔獄，也就是有名的前六君子獄。早在天啟四年六月，楊漣就曾上疏劾魏忠賢 24 罪；魏大中等亦相繼上言響應。由於熹宗力保忠賢，諸人均遭斥謫。天啟五年六月，魏忠賢派錦衣衛逮楊漣、左光斗、袁化中、魏大中、周朝瑞、顧大章 6 人，下鎮撫司詔獄，以曾受邊將楊鎬、熊廷弼賄定罪。此 6 人受盡酷刑，相繼死於非命。
另一次是天啟六年丙寅詔獄，也就是有名的後七君子獄。在楊漣劾魏忠賢 24 罪時，黃尊素、李應升等也曾上言響應。諸人雖相繼均遭斥謫，但魏忠賢猶不肯放過。天啟六年二月，魏忠賢矯旨遣緹騎逮周起元、周順昌、周宗建、繆昌期、李應升、高攀龍、黃尊素 7 人。高攀龍知不能免，投水自殺。周起元等 6 人下鎮撫司詔獄，亦先後死於非命。
東林黨在這一階段得到了迅速發展，同樣閹黨在這一階段也得到了迅速發展，東林黨對皇權產生了威脅，朱由校又繼續利用閹黨的魏忠賢翻出陳年舊案的「梃擊案」、「紅丸案」、「移宮案」，發布了《三朝要點》。一定程度上是為了打擊東林黨，一定程度上也許是還原歷史真相。到天啟四年（1624 年）時候，魏忠賢的閹黨已經逐漸壓過東林黨風頭，東林黨開始遭到史無前例的陷害。
魏忠賢雖是總指揮，但當打手的卻是投靠他的官僚集團。出擊頻繁而規橫最大的事件有三：「六君子之獄」、「七君子之獄」及「《三朝要典》之炮製。「六君子之獄」發生在天啟五年(1625)，包括楊漣、左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞及顧大章。六君子下獄後，受到嚴刑迫供，箠楚甚酷，其死鐵釘貫耳、慘不忍睹。「七君子之獄」發生在天啟六年(1626)，七君子中除去高攀龍赴水自殺拒捕外，其餘六人皆死於獄中。《三朝要典》之炮製，也是發生在同年，被閹黨斃詔獄者十餘人，下獄謫戌者數十人，削奪者三百餘人，革職貶黜者不可勝數。於是，朝中善類幾乎為之一空。
當然，血腥鎮壓只是非常手段，不能解決根本問題。要想使東林黨永世不得翻身，還必須採取其它辦法。天啟五年八月，魏忠賢毀天下書院，東林書院被首先拆毀。同年十二月，又矯詔頒《黨人榜》，禁錮東林黨人，「生者削籍，死者追奪」（陳鼎《東林列傳凡例》）。同時，又編造《天鑒》、《雷平》、《同志》、《薙裨》、《點將》、《蠅蚋》、《蝗蝻》等所謂「七錄」，具名醜化東林黨人，為毀院頒榜製造聲勢。最後，為求敲釘轉腳，成為鐵案，編輯了《三朝要典》。
《三朝要典》的編輯，實際始於天啟五年五月。當時，給事中楊所修上奏，請將萬曆、泰昌、天啟三朝有關梃擊、紅丸、移宮「三案」的詔令奏疏編輯成書。熹宗從之，但尚未定名。天啟六年正月，書成，始定名《三朝要典》。首列熹宗聖諭，即將「三案」罪責均委諸東林黨人。內容據《明通鑑》卷 80 記載，大致是：「其論挺擊，以王之宷開釁骨肉，為誣皇祖，負先帝。論紅丸，以孫慎行創不嘗藥之說，妄疑先帝不得正其終，更附不討賊之論，輕低皇上不得正其始，為罔上不道。論移宮，以楊漣等內結王安舜故重選侍之罪，以張翊戴之功。於是遂以之宷、慎行、漣為三案罪首。」有了《三朝要典》，「三案」便成為千秋鐵案，東林黨人也成了千古罪人。
天啟七年（1627）八月，熹宗死，思宗即位。魏忠賢權力達到頂巔時，在全國遍建生祠，總數超過四十個。建祠者對魏忠賢表現了吹棒拍馬屁的能事，稱以「堯天帝德，至聖至神」。然而，到天啟七年(1627)秋季，魏忠賢便從權勢的頂巔一下子跌進了萬丈深洲，落了個粉身碎骨的下場。這是由於熹宗的死去，他的後山倒了，繼任的思宗崇禎皇帝，不再賦予他權力的緣故。明熹宗之死和朱由檢即位，標誌著魏忠賢專權的結束。崇禎皇帝在人人喊打的局面下，當即決定向魏忠賢開刀。同年十一月初一，下達了把魏忠賢安置於鳳陽的命令，夜間遂自縊而死。死後，被詔磔其屍，懸首河間。同月十七日，客氏也被笞殺於浣衣局。
從這段歷史可以看出，十一月初時，魏忠賢被斥自殺。到了十二月，清算閹黨罪行。崇禎元年三月，為天啟中遇難東林黨人平反。四月，編修倪元璐請毀《三朝要典》，略云：「梃擊、紅丸、移宮三議哄於清流，而《三朝要典》一書成於逆豎，其議可兼行，其書必當速毀。」又云：「三案者，天下之公議；《要典》者，魏氏之私書。三案自三案，《要典》自《要典》。今為金石不刊之論者，誠未深思，臣謂翻即紛囂，改亦多事，唯有毀之而已。」（《明通鑑》卷 81）五月，終毀《三朝要典》。
此後，東林黨人紛紛官復原職，曾經依附閹黨的反對派紛紛被罷斥。崇禎二年（1629），閣臣韓爌等奉旨公布閹黨罪惡，自輔臣以至庶僚獲罪者 320 餘人，重則立決，輕亦禁錮終身。舊宣黨領袖湯賓尹「聞忠賢死，即狂悖失志，狼狽而死」（吳應箕《啟禎兩朝錄·前錄》卷下）。舊昆黨成員顧秉謙被削籍，崑山百姓「聚眾焚掠其家」（《明史·顧秉謙傳》）。東林黨派雖然最終獲得勝利，但由於東林書院被拆毀，失去存在根據，再也沒有號召力。南明之初，閹黨成員馬士英、阮大鋮當國，雖曾翻舊案，攻擊東林，但當時國事已非，人心思退，也缺乏有力的響應。至此，東林黨派與以浙黨為首的五黨派實際已兩敗俱傷，都沒有能力繼續爭鬥了。
入清後，周嘉謨的邑人胡泌（明太僕寺卿胡承詔之孫）弔古躊躇，看到周的采真園故址，眼前已是一片殘垣斷壁，回想起明朝末年黨爭和江山人事的興替及黨禍肆虐，感慨萬千，寫了一首詩，味其所詠，頗有春秋之貶：
兩朝顧命秉銓衡，通籍宦途六十年。
直忤閹人開綠野，閒依水國種奇蓮。
午橋明月宵吹笛，亥市腥風曉泊船。
曾駐河干尋勝跡，萋萋芳草亂啼鵑。