一、大毀滅與大恢復
1211 年成吉思汗開啟了對漢地征服，也開始了蒙金戰爭，金國遣完顏承裕在野狐嶺與之決戰，結果 45 萬精銳盡沒，蒙古從此得以深入長城。在圍攻中都不克以後，成吉思汗派人分兵奪取了弘州、昌平、懷來﹑縉山﹑豐潤、密雲﹑撫寧、集寧，東面直至平、灤；南迄清﹑滄；東北由臨潢過遼河，西南至忻、代等地，同時還奪取了邊疆的雲內、東勝等州。等到蒙古軍退後，「所過無不殘滅，兩河山東數千里，人民殺戮幾盡，金帛子女牛羊馬畜皆席捲而去，屋廬焚毀，城郭丘墟」。中都粟米每石 1 萬錢，士兵收入卻只有十分之一。1212 年成吉思汗又進攻西京大同，1213 年再次進攻中都，又多次打敗金軍，橫掃河北和山東，「是歲，河北郡縣盡拔，唯中都、通、順、真定、清、沃、大名、東平、德、邳、海州十一城不下」。
蒙古人對於攻克地區凡有抵抗皆予以毀滅，只有工匠得存，如保定「屍積數十萬，磔首於城，殆與城等」。衛州「三日城破，以州旅拒不即下，悉驅民出泊近甸，無唯類殄殲。」在河北山東遭遇重大破壞的情況下，金宣宗只得南遷汴京，1215 年蒙軍擊敗完顏承暉，中都淪陷。為和蒙古爭奪河北，金國封武仙等 9 人為九公，但在蒙軍強大攻勢下，大部分豪強均投靠蒙古，如嚴實以所屬彰德、大名等十三州 30 萬戶投降。1217 年木華黎受命經略太行以南之地，與之前不同的是他從單純掠奪轉為注重占領，開始徵收賦稅，減少屠殺行為，任用大量投降豪強就地防守，注重招降豪強武裝，對於投降豪強如張柔、劉伯林、嚴實等一般保留原職，並利用其所率軍隊進攻金國，為長期占領作準備。1225 年武仙叛歸金朝，史天澤將其擊敗。1226 年蒙古進攻山東，益都李全、張榮等軍閥投降蒙古。窩闊台即位後，任用耶律楚材、劉敏、黏合重山、鎮海等人，「凡建官立法，任賢使能，與夫分郡邑、定課賦、通漕運、足國用、多出楚材，而重山佐成之」。劉敏在改造行宮帷殿、城和林、建萬安宮、設宮闈司局、立驛傳，皆麻煩績。
1230 年窩闊台分三路南下滅金，拖雷繞路到達中原，三峰山之戰金軍大敗，窩闊台和拖雷北還，速不台繼續圍攻汴京，塔斯等掃蕩河南郡縣，隨著金哀宗逃奔蔡州，洛陽、汴京等地也先後淪陷，不久後金國滅亡。在蒙古統治中原之初，他們仍想將華北變為牧地，對城市和農耕地區加以破壞性掠奪，窩闊台統治時期一個官員認為：「雖得漢人，亦無所用，不若盡去之，使草木暢茂，以為牧地」，但蒙古人自身出於穩固統治和獲取產品的需求，還是使得他們逐漸轉變了做法，採取以蒙古官員監臨，蒙古軍和探馬赤軍分駐，利用當地精英統治的方法。
成吉思汗雖然主持分封，但那僅限於草原，對於農耕地區他仍將其視為黃金家族的公產，由大汗任命的長官統領，長官管領。「既取中原，定四方，豪傑之來歸者，或因其舊而命官，若行省、領省、大元帥、副元帥之屬者也。或以上旨命之，或諸王大臣總兵政者承制以命之。若郡縣兵民賦稅之事，外諸侯亦得自辟用，蓋隨事創立，未有訂製。」地主武裝領導欺負蒙古人不知道官職含義，隨意索取，蒙古人也不以為意。這些人控制地方政權，隨意徵收賦稅和招募士兵，父死子繼，專制一方，積累金銀粟帛子女，他們中間勢力大的叫世侯，如真定史天澤、滿城張柔、威寧劉黑馬、東平嚴實、益都李璮、濟南張榮等。
在決定對華北採取何種統治政策的過程中，耶律楚材起了關鍵作用，他說服窩闊台「以天下之廣，四海之富，何求而不得？但不為耳！何名無用哉！因奏地稅、商稅、酒醋﹑鹽鐵、山澤之利，周歲可得銀五十萬兩，絹八萬匹，粟四十萬石。」滅金同年，窩闊台設立燕京行中書省統領華北刑獄、財賦、和軍事，當時各地官員多為不法，窩闊台聽從耶律楚材的建議，決定「長吏專理民事，萬戶府總軍政，課稅所掌錢穀，各不相統攝」，還設立達魯花赤監督。蒙古還設立了十路課稅所，選擇嫻熟錢穀和吏治的儒生擔任課稅使，設立編修所於燕京，經籍所於平陽，搜集經史，以儒士梁陟為長官。1237 年，窩闊台又命術虎乃、劉中分試諸路儒士，中選者得著儒籍，並選充議事官，又以孔子五十一世孫元措為衍聖公，這表明蒙古統治逐漸走上正軌。
為了完善稅收制度，窩闊台「命河北漢民以戶計，出賦調，耶律楚材主之；西域人以丁計，出賦調，麻合沒的滑剌西迷主之」。於是 1230 年耶律楚材任命十路徵收課稅使徵收賦稅，最開始河北漢族每戶 2 石粟，後增到 4 石。1231 年窩闊台制定鹽法，設立河間、山東、平陽、四川課稅所四處，每鹽一引，重四百斤，價銀十兩，又以州縣長官為酒醋務坊場官，開辦榷場，徵收賦稅。1232 年，窩闊台又設漕運部門於燕京運輸糧食。經過一系列恢復秩序的措施，「居無幾何，民力大紓而廩儲崇積」。1235 年得到 873781 戶，總計 4754975 人。1236 年又多發現了 110 萬戶人。耶律楚材主政，規定地稅「依仿唐租庸調之法，其地稅量土地之宜。大朝開創之始，務從寬大」，上田每畝稅三升半，中田三升，下田二升，水田五升；丁稅方面，「諸路驗民戶成丁之數，每丁歲科粟一石，驅奴五升。新戶丁、驅各半之，老幼不與。」由於當時沒有確定土地戶籍冊，所以模仿金國賦稅辦法，「丁稅少而地稅多者納地稅，地稅少而丁稅多者納丁稅，工匠僧道驗地，官吏商賈驗丁。」雖然耶律楚材為規範賦稅徵收做了努力，但當時存在大量漢軍世候和諸王分封地，他們各行其是，導致稅制混亂，因而很多是具文，沒有落實。
蒙古對於華北統治特色在於其加入了大量分封制元素，將華北人民和土地分賜給黃金家族諸王，稱為「投下」，這些人民和土地都是黃金家族公產，由大汗派人管理，隸屬燕京行台。為了避免限制諸王隱瞞掠取和侵奪正常百姓，窩闊台決定凡是寄居在他郡的驅口﹑部曲，以及清理出來的漏籍人口，都應列為普通民戶。1236 年規定：投下州縣各位下只設達魯花赤，而由朝廷任命官吏，徵收租稅；投下民戶，每二戶出絲一斤，以供官用；五戶出絲一斤，以與所賜之家；封戶之外，諸王貴戚不得擅招民戶，五戶絲之外，封主在原則上亦不得擅徵兵賦於封戶。這次大概分封了 76 萬戶給諸王，諸王為保證利益都派了官員在燕京行台任職，投下百姓對封主依附性極強，不可改變，諸王便極盡壓榨，老百姓苦不堪言。
蒙哥即位後再次下令括戶，並確定了諸王應得賦稅，將許多臨時隨意徵收的賦稅固定下來。忽必烈在蒙哥時代就負責經營華北，組織民眾屯田，清理不法官吏，結果「不二三年，河南大治」。他即位後，接受儒生建議，給予儒生優惠，推崇儒學，修復孔廟，蠲免儒生稅賦，歸還產業。不久又平定了李璮叛亂，加強了中央集權，採取儒臣建議採取漢法治理國家，設立中書省，行使宰相職權，又設置樞密院、御史台、勸農司等機構負責軍政和恢復生產諸多事宜，停止世侯軍民不分的存在，實行軍政分離。
忽必烈以「戶口增、田野辟、詞訟簡、盜賊息、賦役均」等規則考核官吏，還鼓勵老百姓和軍隊墾荒，編纂《農桑輯要》，他還鼓勵官吏興修水利，嚴厲禁止禁止蒙古王公和將領侵占民田，屢次下令蒙軍將領不得擾民和剽掠百姓，對於投下百姓，他也盡量減輕其負擔，限制封君權力，將投下百姓改為正常戶籍，禁止封君招募其為兵。為減少百姓負擔，他還鼓勵軍隊屯田，1265 年他命令阿術率蒙古軍和漢軍在孟州一帶屯田，1270 年命洪茶丘率高麗士兵屯田，這類屯田遍布四川、河南、山東等動亂地區。襄樊之戰前，蒙古還命令在靠近襄陽的河南地界屯田，甚至漠北都有屯田，這就大大紓解了軍糧問題，也促進了生產的恢復發展。
二、新階層的崛起
蒙古統治華北後，由於局勢的發展，華北地區迅速崛起了一批強有力的集團，典型的就是蒙古貴族的投下，投下即蒙古貴族所屬軍民集團。投下有軍隊投下，負責征戰；還有分封投下，分封投下又分為諸王兀魯思、五戶絲、私屬投下。受封貴族在投下設達魯花赤，封戶每二戶出絲一斤歸朝廷，每五戶出絲一斤納封君。後來忽必烈對投下制度進行整頓，從原來投下貴族自行任用到需要報告朝廷批准。蒙古貴族還有較為快速的升遷通道，可以充當怯薛，在四等人中排名第一，還有諸多政治、經濟、法律上的特權，軍政機構正官總是由蒙古人擔任，而且「諸蒙古人居官犯法，論罪既定，必擇蒙古官斷之，行杖亦如之。」同一類型的犯罪，蒙古人總能獲得較輕甚至沒有刑罰，蒙古對漢人限制較多，對底層漢人馬匹、武器等方面索取苛刻，對世侯等中上層較為寬鬆。
在長時間統治中原之後，蒙古貴族逐漸由放牧轉向經營土地，變身為貴族地主，他們大肆擄掠人口和土地，但他們主要是將土地作為牧場，到 1265 年，開始鼓勵蒙古貴族地主利用土地農耕，「至元二年正月，以河南北荒地分給蒙古軍耕種」。1266 年 5 月，「浚西夏中興、漢延、唐來等渠，凡良田為僧所據者，聽蒙古人分墾」。蒙古貴族阿術等在平定江南期間還大肆侵占土地，後來元武宗、元英宗等皇帝動輒賞賜臣子數千畝土地，蒙古貴族還接受投獻土地、隱佔人口土地，這還不算，他們還憑藉政治特權強搶土地，「武清縣北鄉等處，有阿海萬戶下屯田軍人，於至元二年倚賴形勢，於上司元撥屯田地段四至外，強將諸人莊子及開耕作熟桑棗地侵奪訖二十餘頃，俱是各家系稅地數。」
除了蒙古貴族地主外，漢族地主在政府和軍隊中也占據高位。他們的位置起源於蒙金戰爭中率先投靠蒙軍的一批漢人地主豪強，他們被稱為世侯，世侯要為蒙古盡納質、助軍、輸糧、設驛、編戶籍、設置達魯花赤、入覲等義務，當然他們在封地內有著生殺予奪的大權，著名世侯有真定史氏、順天張氏、東平嚴氏、益都李氏、西京劉氏、鞏昌汪氏等。這些世侯曾通過招撫流民，保護士人，最大限度地保護和傳承了漢文化。董俊南下攻打汴京時，「他將利其子女是取，公曰：人降而奪之孥，仁者不為，眾義不取。南征時，人多歸公願為奴，既全其家，歸悉縱為民。」《濟南公世德碑》則稱讚張榮「常從征戎，以勇策勛，以仁止殺，遂至平定中原。」劉伯林「乙亥，同國王木華黎攻破燕京。戊寅，同攻下太原、平陽。部曲所獲俘虜萬計，悉縱之。」嚴實，「時兵由武關出襄、鄧，以為河南破，屠戮必多，乃載金繒往贖之，且約束諸將，勿敢妄有殺掠。」張柔「遇他將俘囚將被戮者，亦曲為勸諭而活之。降人親屬散落他所，則百方購求，必得而後已，或求於我，未嘗不與也。
世侯還努力印刷書籍，開班學校，廣建孔廟，搶救圖書，如張柔在汴京攻陷後，「於金帛一無所取，獨入史館，取金實錄並秘府圖書。」後來「他以金實錄獻諸朝，且請致仕，封安肅公。」南宋臨安被攻陷後，董文炳「封庫藏，收禮樂器及諸圖集。乃得宋史及諸註記五千餘冊，歸之國史院。」史天澤「以右丞相監修國史，左丞相耶律鑄、平章政事王文統監修遼、金史，仍採訪逸事。」
1236 年窩闊台「畫境」後，世侯開始受到壓制，如嚴實「初，公之所統，有全魏，有十分齊之三，魯之九。及是畫境之制行，公之地於魏則別大名，又別為彰德，齊與魯則復以德、究、濟、單歸於我。」李璮之亂被鎮壓後，元朝進一步壓制世侯，通過合并州縣和實行遷轉法，史天澤還上奏「兵民之權，不可並於一門，行之請自臣家始。」結果史天澤家族「即日解兵符者十七人」，實行軍民分治，「居大藩者，子弟不得親政」，還將世侯隨機調動，如張弘范原籍順天卻被遷轉到大名，董文炳率史天澤家族兩萬戶前往鄧州。世侯消失後，漢族地主上層繼續在政府和軍隊中高居官位，中小地主則為軍戶和站戶，他們有大量驅口以便耕田，少的有百人，多的有數千人，勢力仍然十分龐大。漢人地主中的寺觀地主勢力也十分龐大，如仁王寺，元朝時有水田 42314 頃 15 畝，旱田 64219 頃 23 畝，29 處山林、湖泊漁場、竹場等，15 處煤銀銅鐵，19061 處栗，1 個酒館，61 個渡口，1 個水務，1 個水壩，37059 戶人，其中 17988 戶納稅服役，175 間大殿，10 個靈星門，2065 間房子，268 個牛具，133 頭牛。
不止地主，商人在元代也佔有重要地位，尤其是色目商人，這些人被稱為斡脫，他們和蒙古貴族勾結，以經營國際貿易和放貸為生，《黑韃事略》載：「或貸之民而衍其息，一錠之本，展轉十年後，其息一千二十四錠。」這是何等暴利。斡脫商人還經營元朝交付的本錢，《元史·盧世榮傳》記載「於泉、杭二州立市舶都轉運司，造船給本，令人商販，官有其利七，商有其三。」斡脫錢影響十分惡劣，最招人痛恨，以至於元廷不得不屢次下詔免去欠債人還錢，「丙戌，詔凡負斡脫銀者，入還皆以鈔為則」，「乙丑，阿里願自修船，同張存從征瓜哇軍，往招古城、甘不察，詔授阿里三珠虎符，張存一珠虎符，仍蠲阿里父布伯所負斡脫鈔三千錠」，「壬午，罷江南茶稅，以其數三千錠添入江西榷茶都轉運司歲額。詔貸斡脫錢而逃隱者罪之，仍以其錢賞首告者」，「命和林戍軍借斡脫錢者，止償其本」。
元代最廣大的人群–農民也大大分化了，中上等農民大多被納入軍戶和站戶中，自耕農大多是貧困農民，除了自身差役外，還要負責軍戶站戶的多餘差役，他們被編制在社裡，受到嚴密控制，「或不務本業，或出入不時，或服用非常，或飲食過份，或費用無節，或元貧暴富，或安下生人，或交結游惰」，都受到政府控制。經商或有事出遠門，也必須要有保人和路引，否則會受到追究，「諸關廂店戶，居停客旅，非所知識，必問其所奉官府文引，俱有可疑者，不得容止，違者罪之。」作為地主的佃戶，命運就更悲慘，租額一般為收成的 50%，但實際上地主並滿足，還額外強迫佃戶交納別的產品或服勞役，他們認為「主家科派其害甚於官府差發。」連元朝統治者都看不下去，多次下詔：「私租太重，以致小民重困」，要求「以十分為率，普減二分。」還要求地主救助佃戶，但地主往往趁機敲詐勒索，以致佃戶傾其所有償債都不夠，一旦無法還債或交租，地主會動用私刑或送官。
驅口是元代一個廣泛存在的人群，來源十分廣泛，大部是自賣為奴或者被擄掠為奴，一個中等官員家裡就有數百人，主要用於服役和農工商等行業生產經營，男性種植畜牧，女性紡織紗布，驅口世代為奴，只有主家肯放為良人才能改變身份，但和正常戶籍的民戶仍有區別。驅口也經常全家逃亡，和驅口類似的有怯憐口，他們負責手工業和畜牧業，少的也有 4000-5000 戶，多的有 29000 戶。還有典身奴婢和雇身奴婢，在典雇自身期間，對主人有嚴格人身依附關係，他們「須用小心伏事，聽候使令，不敢違慢，抗對無禮」；主人可以任意打罵，而被典雇者即使死了，也不許家屬追究。
匠戶也是元代一個大的群體，蒙古攻略漢地期間大肆屠殺，只有工匠可以免死，因此許多人冒充工匠以求活命，蒙古人把手藝最好的工匠挑出來，安置在內地，派官員管理，後來統一登記為匠戶，1279 年，登記的匠戶有 11 萬，工坊 70 餘所，每年生產錢幣、絲織品、弓、箭、甲冑等物品，1284 年元朝又將 30 萬戶匠人縮減為 109000 戶，其餘劃為平民。工匠的戶籍一旦確定，便要世代相傳，婚喪嫁娶都要由政府控制，他們分為隨朝工匠和外路工匠，幾乎包攬了國家和貴族需要用的一切之物，政府撥給原料，規定工期和產品驗收標準，工匠由官府按月支付口糧，一般匠人每戶以四口為限本人給米 3 斗，鹽半斤；15 歲以上家屬大口支米 2 斗 5 升，小口並驅奴大口支 1 斗 5 升，驅小口支 7 升 5 合。少於四人則按實數支取，但經常有剋扣口糧的事情發生。外路工匠待遇則惡劣的多，他們大多是貧民出身，又多遭受官吏壓榨，沒有田產，全靠手藝謀生，因而十分狼狽，在這種情況下生產成本非常高，產品品質低下。
三、宗教的壯大
元代宗教政策寬容，佛教、道教、基督教、伊斯蘭教各自在華北廣泛傳播，最廣泛的當屬佛教，其中又以藏傳佛教（喇嘛教）為典型，歷代蒙古統治者均崇奉此教。1244 年闊端召見薩迦班智達和其侄八思巴來涼州，1247 年談妥了西藏歸屬蒙古的條件，從此西藏就成為中國領土不可分割的部分。後來八思巴被封為國師和宣政院使，成為全國佛教最高領袖。禪宗也是華北地區廣泛傳播的一支，成吉思汗攻破寧遠後，得到了中觀和海雲師徒，征西域時，他命師徒二人統領漢地佛教，後來海雲還和忽必烈會面。另一支曹洞宗僧萬松和耶律楚材師徒也很受窩闊台重視，尤其是耶律楚材在蒙古經營華北中負責建制理政，出力甚多。當然，佛教徒憑藉崇高地位，「怙勢恣睢，日新月盛，氣焰熏灼，延於四方，為害不可勝言」，至於強占國家林場、河泊，百姓田產子女，隨意殺人盜墓等更是尋常。如 1308 年百姓告上都開元寺僧人強買百姓柴薪，官員開庭審理之時，居然被僧人強闖公堂，將官員囚禁，僧人卻得到赦免，甚至還有僧人敢和貴族爭道的。國庫資財也因為舉辦大量佛事而耗費，如延佑四年中書省統計該年佛事活動，用面 439500 斤、油 79000 斤，酥 21870 斤、蜜 27300 斤，可見耗費巨大。
金朝後期王喆創建全真教，雖然在華北教派中創建最晚，但由於王喆作為創始人，一向都主張「若要真行者，須是修仁蘊德，濟貧拔苦，見人患難，常懷拯救之心，或化誘善人入道修行，所行之事，先人後己，與萬物無私，乃真行也。」因而發展最快，影響力逐漸增加。金國為鞏固統治，1187 年金世宗召見了全真教首領王處一，由此全真教取得了合法地位。在金國、南宋和蒙古三方中，全真教領導人丘處機最終選擇了蒙古，此舉也促進了全真教的壯大。
當時，蒙古入關後由於不熟悉農耕社會，對華北大地破壞嚴重，「國制：凡敵拒命，矢口一發，則殺無赦」。殺人在當時的華北成了尋常之事，戰後金國無力管控地方，豪強並起，弱肉強食，「金貞佑至南渡，而元軍北還。是時河朔為墟，蕩然無統，強焉弱凌，眾焉寡暴，孰得而控制之，故其遺民自相吞噬殆盡。」當時為了落實祖師思想，全真教在亂世中盡可能拯救老百姓，道士徐志根在「河朔歲飢，民爭襁負趨河南，無所於歸，師（徐志根）館穀唯恐後，被掠者購而歸之。明年秋成，或歸或留，或願人為道士，惟其欲。」
丘處機還不遠萬里到西域大雪山勸諫成吉思汗少行殺戮，建議免除華北三年賦稅，解救眾多災民。「其時國兵踐蹂中原，河北南尤甚，民罹俘戮，無所逃命，處機還燕，使其徒持喋招求於戰伐之餘，由是為人奴者得復為良，與渙死而得更生者，勿慮二三萬人，中州人至今稱道之。」可以稱得上功德無量。於是北方各地一傳十十傳百，無不信奉全真教。全真教還命令道士種田收糧賑濟災民，還有廣施醫藥，給飽經戰亂的人們治病，做了許多功德無量的好事。蒙古人對宗教採取寬鬆政策，不限制宗教發展。回到北京後，丘處機以長春宮為總部，建立了平等、長春、靈寶、長生、明真、平安、消災、萬蓮等 8 個分會，每會各有信眾數百人。
由於政權更迭，許多不願出仕蒙古者多出家為道士，「時河南新附，士大夫之流寓於燕者， 往往竄名道籍，公委曲招延……汴梁既下，衣冠北渡者多往依焉。」「通都大邑，道宮之瓊樓玉宇，連甍接棟，相望於闤闠間。雖十家之邑，三戶之聚，頤真進道之廬，無地無之。綸巾羽服，以道自名者，肩相摩，踵相接也。」「東盡海，西邁蜀，南逾江漢，北際大漠，莫不家奉人敬，從風而靡，自昔道化之行，未有如是翕然之盛也。」據士人元好問統計，大約華北有 20%的人信奉全真教。全真教還在北京設立提舉燕京玄學，在長春宮設有玄學講經，為道士講解理論知識，還聘請許吐司人講學，為儒學的復興做了自己的貢獻。
當時華北除了全真教外，還有太一教，由衛州人蕭抱珍創立。蒙古攻克衛州，掌教僥倖逃命，後修復總部萬壽觀，還和蒙古將領搭上關係，拯救了數萬百姓。後來接受唆魯禾帖尼和忽必烈母子召喚，得到封號，被推崇為有道之士。1252 年，忽必烈還追封蕭抱珍真人號，升太一萬壽觀為太一廣福萬壽宮，稱為與全真教並稱的北方門派。
道教的興盛局面很快就由於佛道辯論而遭到打擊，儒生首先向道教發動攻擊，在 1251 年掀起了北京孔廟和贍學土地爭論，1254 年道教在和伊斯蘭教、基督教辯論中失敗。1255 年開始了長達三十年的佛道辯論，以雙方爭論《老子化胡經》開始，該書大意是老子西出函谷關化胡為佛，屬於貶低佛教抬高道教的書籍。在蒙哥汗主持下，僧人福裕和道士李志常辯論，李志常唯唯諾諾，福裕又提出全真教侵占佛寺產業大概有 500 多處，李志常無法回應，只能答應退還侵地，燒毀《老子化胡經》印版。1258 年，佛道爆發了多達 700 多人的辯論會，但由於忽必烈偏袒佛教，全真教處處退縮，最終辯論以道教失敗告終，道教一方辯論手背削髮為僧，忽必烈最終下令焚毀了同類型書籍，退還廟產。
但道教並不服氣，對忽必烈命令拖延執行，全真教總部長春觀和佛教寺廟奉福寺的爭端最終引發第二次佛道大辯論。1280 年奉福寺欲索回背全真教侵占的吉祥院被拒，全真教道士甘志泉將奉福寺和尚痛打一頓，並自行燒毀房間，唆使一名和尚自行承認是被後者唆使，長春宮道士王志真還狀告奉福寺和尚造成長春宮房舍和 3900 石糧食損失到忽必烈那，忽必烈審理後對全真教嚴厲懲處：提點甘志泉、知宮王志真被處死，提點蔡志祥被割去耳鼻，另有六名道士被判流放邊遠地區，並將判決長春宮歸還 3900 石糧食送給僧人，僧人還趁機告訴忽必烈之前下令焚毀偽經的命令被全真教徒拖延執行，忽必烈於是下令官員和北京僧人到長春宮一起舉行辯論。此次辯論除了全真教外，還有真大道教主李德和與正一大道教主杜福春，以及來自新征服的南方地區的道教領袖–龍虎山天師張宗演，將辯論範圍集中在了道藏上，由於忽必烈偏袒，道教徒不敢辯駁，於是再次失敗。忽必烈下令除了《道德經》保留外，其餘著作悉數焚毀，大致少了 2500 卷道教經典。雖然確實有很多是道教侵占的佛教寺廟改建為道觀，但卻有更多本來是道觀卻改為佛寺，經過這一打擊，道教進入衰退期，直到元成宗時期才有所恢復。
四、總結
蒙古滅金帶來的是大毀滅，為建立穩固統治蒙古人不得不放棄以往破壞性的做法，選擇適應漢地的制度，但在征服漢地之前先行征服西域中亞，見過世面的蒙古人不像傳統蠻族一樣重用士人，選擇了原本社會的邊緣人–宗教人士作為上下溝通紐帶。無論如何，當華北原有社會被蒙軍暴力摧毀後，無數人民為保護生命財產安全，不得不託庇於寺廟中，後者因而擁有了巨量財富，村民自行建立的信眾組織也是隸屬於寺廟，看起來佛道組織比儒學機構更為人們所依賴。由於蒙古人對宗教人士的優待，和尚道士無論在大汗直屬還是投下封地，都可以利用遍布各地的寺廟道觀建立了廣泛的網路，成為基層事務有力一環。比如水利組織，蒙古統治華北之後，通常是由佛道人士擔任領導，他們代替了之前儒學官僚而擔任地方精英角色，與蒙古統治者及地方官員積極互動，進行戰後社會重建，擔任相應官職。這一現狀延續到 1368 年明朝建立才有了改變，洪武帝開始恢復宋代的士紳–平民社會，士人重新變為地方精英，壟斷地方事務，和皇帝開展博弈。