16 世紀初，整個印度洋都被捲入一場貿易控制權戰爭。從遠在歐洲的葡萄牙與威尼斯，到近在咫尺的埃及或印度諸邦的，逐步將戰場由中心區域擴張至邊緣地帶。於是，不少先前鮮有人問津的角落，會在某個瞬間淪為各方角逐的焦點。例如毗鄰紅海和亞丁灣的索科特拉島，就為相當單調的本地史增添了一抹血色。
僅從地理位置來看，索科特拉島似乎是一個相當關鍵的海上要衝。除東側是茫茫印度洋外，北面就是香料貿易發達阿拉伯半島的葉門地區，而西南兩面則是港口雲集的東非海岸。加之距曼德海峽、亞丁灣不遠，足以承接自紅海、地中海世界抵達的各類商賈。可惜，過於乾旱的氣候讓全島的淡水資源都相當緊張，更沒有能滋養大量人口的河流湖泊。故而至今都被判定為是一個不太適於人類居住的地方。若非機緣巧合或萬不得已，來自外部的勢力不太會為控制而消耗寶貴資源。
公元 1-6 世紀間，得益於當時的船舶技術不夠發達，索科特拉島曾短暫作為紅海-印度洋貿易的備用中轉站。直至後來的阿拉伯人崛起，還有過中東穆斯林與衣索比亞基督徒的爭奪交鋒。直至東西兩側的港口群日漸成熟、船隻的續航能力大幅提升，便迅速被大部分人給遺忘。以至於偶有訪客登陸，還能尋覓到說希臘語、信奉景教的前代殖民者後裔。
公元 1480 年，索科特拉島的重要性略有改觀。為了拓展財源、防止海盜襲擊，葉門東部馬赫拉蘇丹國突然發兵登陸，在北部的蘇克建立起堡壘。然而，一旦少量阿拉伯駐軍和他們的家屬占據沿海區域，原本的景教土著就不得不集體遷至更貧瘠山區。簡而言之，就是全島的生產力進一步下滑，無法為征服者帶去想要的高槓桿回報。唯有在更晚抵達的葡萄牙人眼中，這片困苦的小島似乎還存有某種特殊價值。譬如王曼努埃爾就堅信，可以將當地作為切斷印度和紅海航運的理想基地。只需要少量駐軍，便可利用主島及周邊島礁，構建起鎖死蘇伊士、麥加、亞丁乃至亞歷山大等穆斯林港口的防禦性島鏈。
公元 1506 年 4 月，由 14 艘大帆船組成的艦隊駛離里斯本。其中的 9 艘由特里斯塔奧·達庫尼亞指揮，餘下 5 艘從屬於阿方索·德·阿爾布克爾克。他們都是早期歐洲殖民者開拓東方帝國版圖的急先鋒，而索科特拉島就在本次遠征的目標清單當中。由於路途遙遠且風向多變，他們在中途的航行中就花費一整年時間。最後才得以順利通過索馬利亞水域，出現在島上最大城市：蘇克。
在那裡，葡萄牙人發現穆斯林的堡壘其實戒備相當森嚴。除一個顯而易見的外城郭，內側還有獨立的堡壘可供策應。只不過阿拉伯人在當初設計建造時，並未預見到火藥武器的全面普及會如此迅速，也就沒安裝有面相近海的大炮。擔任要塞長官的易卜拉欣王子雖是馬赫拉蘇丹之子，麾下卻不過區區 130 名武士，以及數量不祥的扈從軍屬。考慮到他們對本島土著的欺壓，也就很難獲得其他任何援助。
於是，達庫尼亞派人向阿拉伯王子發出最後通牒：允諾守衛投降後可不受任何打擾的自行離開，否則就會動用優勢火力夷平建築。但對方非常果斷的予以回絕，自己又不希望花很多時間重修堡壘，便組織 300-400 名士兵分兩隊向要塞挺進。其中一個中隊由自己親自指揮，另一個中隊交由副統帥阿爾布克爾克管轄。由於缺乏戰馬，所有披甲的貴族成員都步行站在隊伍前列，為操縱槍械和小口徑火炮的平民士兵提供堅實掩護。這是非常典型的中世紀戰術，也是早期歐洲殖民者在亞非拉各頭開掛刷經驗值的最實用策略。
面對至少兩倍於自己的敵人，易卜拉欣依舊選擇正面硬扛。其一是古老的阿拉伯尚武情節，其二是知道困守堅牆也難抵火炮轟擊。在具體部署層面，這支小規模守軍同樣擺出經典的中世紀戰法，由少量騎馬貴族和步行附庸們拼湊而成。一旦接近槍炮的有效射程，便毫不猶豫的加速衝擊，力求最大化的迴避數量劣勢。歷史上，東葉門的部落武士素有好勇善斗之名，經常憑小規模分隊取得優異戰果。只不過在缺乏大部隊掩護的情況下，這類光榮傳統很難被發揮出來。
次日，兩軍在靠近要塞的海灘邊遭遇。進攻方直接兵分兩路，由阿爾布克爾的中隊負責與之纏鬥。只經過最短僅 1 輪射擊，雙方便迅速切換至近身肉搏狀態。儘管易卜拉欣等人表現相當勇敢，但他的部下因裝備劣勢而慘遭擊潰，連帶著讓主帥身陷重圍。最後，堂堂王子慘死當場，拋棄他的屬下一樣沒能在追擊中倖免於難。同時，達庫尼亞的中隊已摸到護牆跟前，通過梯子攀爬到堡壘內部。由於大部分戰力已外出野戰，約幾十名留守人員很快不敵，在混亂中遭入侵者屠戮殆盡。至此，索科特拉島落入葡萄牙人手中。
由於肩負多項任務，達庫尼亞在戰後立即率 8 艘船的部眾離開。阿爾布克爾克則帶著 400 人和 6 艘船暫時留下，著手將被占領的要塞被命名為聖米格爾堡。由於只夠容納 100 躲士兵駐紮，因此被擴建了外牆、內部庭院與配有管道的水庫。原先的清真寺下也被改為教堂。至於早年間被驅逐到內陸的景教土著，紛紛被邀請下山接收穆斯林地產，以便充當這塊新領地的基層社會。雙方直將這樣的合作關係維持至 1511 年。
當然，殘酷的事實證明索科特拉島遠不如預期有利。由於距離周圍港口有相當距離，所以很難靠堡壘火力輻射商船航道。同時，惡劣的氣候必然造成糧食匱乏，也不能被改造為經濟作物的種植園。而且環繞全島的海岸線都吃水較淺，不適於遠洋帆船停泊。因此，阿爾布克爾只能忍痛割愛，在 1511 年下令剩餘人員撤退。此後，葡萄牙船只還經常作臨時性停靠，但再無興趣將之納入自己的帝國版圖。乃至 19 世紀的英國人，都覺得索科特拉島的價值不過索然無味。