順治元年（1644 年）九月的某天，一位少年敲開了嘉定侯周奎的大門，來人自稱是崇禎的太子朱慈烺。朱慈烺是周皇后所生，周奎作為外公，不可能不認識太子，但周奎卻表示難以辨別，讓自己的侄子周鐸接來長平公主辨認。
長平公主是太子的胞妹，兄妹長期住在宮中，應該不會認錯，至於長平公主為何會在周奎府上，是源於崇禎帝的「手下留情」。李自成破城之日，心灰意冷的崇禎帝命周皇后和袁貴妃自盡，自己又提劍砍殺了時年十三歲的長平公主和五歲的昭仁公主，袁貴妃太胖，懸梁的繩子斷了又昏了過去，被崇禎發現後又刺了一劍，但未傷及性命。
至於長平公主，也只是被崇禎斬斷了左臂，昏迷多日後被送到了周奎府上養傷。長平公主與來人相見，直接認定他就是自己的皇兄，二人抱頭痛哭。如此一來，周奎認可了這個外孫，舉家向太子行君臣之禮，吃過飯後，周奎便詳細詢問太子這段時間的經歷。
原來城破之後，太子一人藏匿於東廠門內，然後趁著天黑逃到了東華門，隱匿於一家豆腐店內，店小二以為他是避難的人，讓他換了身舊衣服在店內燒火，太子就這樣在豆腐店待了幾天。但店小二也不敢私自藏匿來路不明的人，五天後，將他送到崇文門外的尼姑庵中，然後謊稱是孤兒，於是太子又在尼姑庵待了半個月。
好巧不巧，一個宮內常侍太監偶然來到尼姑庵，認出了太子，而經過這些天的觀察，尼姑們也認為太子不是孤兒，太子又被太監帶走，藏在密室，偶然得知長平公主住在周奎這裡，因而特來相見。
說到這裡，太子又和長平公主抱頭痛哭，隨後在府內住了下來。但幾天後，長平公主暗中找來太子，給了他行李，告誡他說周府上下都看見有人對太子行禮，為了避免禍端，趕緊逃亡別處，日後也不要來周府了。
太子長居深宮內，毫無生存能力，在外面晃蕩幾天後又回到了周府，周奎雖然留宿，但也怕招來禍端，和侄子周鐸商量後，決定讓太子詐稱姓劉，以普通書生的名義住在周府，否則就要報官。但太子卻不同意，雙方爭執起來，周奎一氣之下，當晚就把他逐出府中。
好巧不巧，又遇到巡夜的士卒，剛要以犯夜的名義逮捕他，但他卻自稱是崇禎太子。一聽是前朝太子，巡夜士卒立即將其交給上官，上官也不敢處理，層層上報後，便交由刑部處理。當時的刑部尚書是正白旗出身的吳達海，對於他來說，這個案子其實很好辦，只要確認太子身份真偽即可，真的就交上去，假的直接處死。
為此，他叫來原內侍太監常進節、原司禮監太監王德化辨認，二人均說是真太子，隨後又把太子送入宮內審問，讓他辨別宮內的事務，均對答無誤。如此一來，太子身份基本上就可以確定了，不久，吳達海又喊原錦衣官李時蔭及其他曾經侍衛太子的共十人辨認，十人都聲稱是真太子。
然而等詢問到明朝宗室晉王朱審烜時，朱審烜卻一口咬定這是假太子，案子起了變化，吳達海選擇將太子及聲稱為真太子等十五人下獄待審。在審訊階段，刑部承審官山東司主事錢鳳覽卻在審理後上書這是真的太子，但朱審烜卻堅持表示這是假太子，卻遭到錢鳳覽的呵斥，雙方爭執不下，刑部又重開廷訊，而這次，刑部又找來新的證人。
這二人分別是教過太子讀書的少保兼太子太保謝陞和文淵閣大學士兼禮部尚書馮銓，這二人在清軍進入京城後便歸降了清朝，且都官復原職。一個太子老師，一個是禮部尚書，這總不會認錯吧！二人均稱這是假太子。而太子則當場呼喊謝陞的名字，又言：「謝先生豈不能相識？前某日講某書某章等等」。
陞閉口不答，只微微鞠了一躬，此舉又讓案件陷入了僵局。至於崇禎的老丈人周奎則態度模稜兩可，在刑部大放厥詞：「就算是以真為假，也算是為國除害了！」但參與審問的錢鳳覽卻據理力爭，聲稱這就是真太子。錢鳳覽理由如下：
首先前朝太子的名位在新朝就是一個定時炸彈，是生是死都是朝廷一個人決定，既然生死難料，何必引人覬覦而要假冒呢？況且這位太子所提及的人證、物證都是有憑有據的，憑什麼說假的？
至於周奎為何態度曖昧，是因為他先得罪崇禎帝，卻被清朝優待，因而擔心前朝太子會給他帶來災禍，必然不會說真話。周奎不說真話，謝陞這些人精為了自己的利益也不會說真話，既然他們都不肯說真話，其餘的太監小官也不敢說真話。
而隨著得知這個消息的人越來越多，京城百姓都知道朝廷正在審問前朝的太子，且都認可他是真太子，一時間京城關於太子的事情傳的沸沸揚揚。此後不斷有人上書，又請求留下太子給前朝祭祀香火的，還有人指責謝陞身為宰輔，又是太子老師，僅僅因為入仕新朝就蔽主求榮，罪大惡極，甚至還有人要求將自己挫骨揚灰以贖太子的。
就這樣，一個真假太子前前後後拖了一個多月，依舊沒能審明白。順治二年（1645 年）正月十七日，眼看朝廷內外議論紛紛，攝政王多爾袞表示自己已有決案，真的不過是給個王爵罷了，假的就地處決。
說是這麼說，但如何確定真假太子呢？多爾袞以行動表達了自己的觀點。首先依舊將太子關押在獄中，同時表示晉王朱審烜是前朝宗室，謝陞是前明的大臣，但錢鳳覽卻呵斥晉王，百姓又罵謝陞，這些都是亂民，理應處死。
而陝西道監察御史趙開心在太子辨別期間聲稱「太子若存，明朝之幸」，也一併處死。好在諸臣上書求情，趙開心才免於一死，至於錢鳳覽由斬決改為絞刑，得以保留全屍，而民間有人想要召集眾人去救太子也被擒殺。
如此一來，多爾袞直接在眾人面前表達了自己的態度：關在監獄的就是假太子。這下子再也沒人願意證明這是真太子了，之後案情的審理就快速了很多。
順治二年（1645 年）五月初日，清廷榜示天下，聲稱假太子已經招供了，經過袁貴妃的指認，這並不是真太子，而是京師人楊玉，因貪圖富貴冒充崇禎太子，理應處死，而參與附會的內侍太監常進節、原錦衣官李時蔭及其他侍衛等十五人，一併公開處死。
至此轟動京城的「北太子案」塵埃落定。但多爾袞卻假仁假義的表示願意善待故明太子，任何能夠提供故明太子線索的有賞，故明太子如果來投，清朝願恩賜供養等等，此舉無非是籠絡人心，然後將明朝宗室一網打盡罷了！
北太子案一事見於《清實錄》及眾多清初私家史書，而不見於清朝官修的《明史》，反而增添了不少可信度，可以確切的說，多爾袞處死的其實就是真太子朱慈烺。但在明末那個階段，大家都為了在新朝保全自己，自然不敢指認。
首先就是崇禎的岳父周奎，周奎在明末那些事就不說了，大順軍入城後被李自成百般拷掠，夫人、兒媳自縊，長子也死於大順手上，徹底經歷了一次國破家亡。但多爾袞入城後，按照範文程的策略，清軍自稱義師，打著為崇禎報仇的名義安撫百姓，因而周奎在清朝反而受到了優待，深怕這個前朝太子會給他帶來災禍，自然不肯說真話。
至於謝陞和馮銓，兩人都是明朝的大臣，且都做了貳臣，毫無節氣。謝陞聽聞清軍進入京城，從老家來到北京投降，得以官復原職，身為太子老師，豈能認錯？但看到太子的外公都否認不是，他疑心周奎為何說謊，因而考慮對自己最有利的說辭。
而馮銓，在太子出生前就在家賦閒了，根本不認識太子，而且品行低下，清軍剛入關，舉家就皆穿滿裝以示歸順。而聽聞大順降將姜瓖意圖歸順清朝，身為文淵閣大學士的馮銓卻向其索賄三萬兩，其德行可見一斑，因而他也會選擇最有利於自己的說辭。
朱審烜為何也說是假的呢？他自己身為晉王，本身就沒見過幾次太子，而晉王作為朱元璋嫡三子一系，嫡次子一系的現任秦王已被李自成殺害，如果朱棣這一脈沒人在京城，自己豈不是可以獲封王爵以祭祀明朝？這就是他的心思。至於多爾袞，看到前朝太子在民間居然有如此強大的號召力，不得不繃緊了神經，而現在南方還未平定，任由前明太子在北方，勢必會引起有心人的利用，到時候振臂一呼，北方又會陷於內亂。
而看到京城士紳百姓一封又一封的保全奏摺，更堅定了多爾袞的殺心，哪怕是真的，他也認定是假的。順便還能以此為藉口，讓前明的宗室吸引到京城，到時候是死是活都由自己決定。從順治四年開始，多爾袞和日後的順治開始有意識的屠戮明朝宗室，至於朱審烜，也在順治五年（1648 年）被多爾袞處死，沒落到一個好下場。
可以說，一場太子案，盡顯皇權交替中各個人的嘴臉，嘴上都是大義，心裡其實都是利益。