乾隆二十年（1755 年）二月，乾隆調集五萬大軍，命投降清朝的準噶爾將領阿睦爾撒納和薩刺爾為左右將軍，兵分兩路征討準噶爾汗國。實際上經過這些年的打擊，準噶爾汗國已經勢微，乾隆此舉就是一戰定乾坤，因而非常重視，由於有了降將的一路招降，清軍的進攻異常順利，末代大汗達瓦齊人心盡失後選擇逃亡，不久被清軍俘獲。
乾隆原以為這次徹底征服了困擾大清多年的準噶爾汗國，但沒想到降將阿睦爾撒納包藏禍心，之所以投降清朝就是借助清朝的力量剷除達瓦齊的勢力，然後自己稱汗。而在滅了達瓦齊後，阿睦爾撒納雖然被封為衛拉特四汗之一，但卻以總汗自居，且不斷調兵遣將，意圖擁兵自重，時機成熟後，扯起大旗再度反叛，西北再度燃起戰火。
雖然乾隆又派軍征討，但詭計多端的阿睦爾撒先後兩次假意投降，取得清軍信任後又再度叛亂，氣的乾隆於乾隆二十二年（1757 年）二月調集大軍，兵分兩路，再次踏上征討準噶爾的道路。而阿睦爾撒此時不僅面臨內訌還要面對瘟疫的流行，清軍幾乎兵不血刃攻占了準噶爾，阿睦爾撒先逃亡哈薩克汗國，後又逃亡沙俄，最終病死於沙俄。
至此困擾清朝邊疆七十餘年的準噶爾汗國徹底消亡，而為了消滅準噶爾汗國，清朝歷經康熙、雍正、乾隆祖孫三代人，可以說清朝有四分之一的時間都在死磕準噶爾？那麼就有人好奇了，準噶爾為什麼這麼頭鐵，非得往東和清朝死磕，為什麼不學學其他遊牧民族前輩西遷呢？
其實初期的準噶爾汗國也是挺難的，地緣局勢非常差，北邊是極力擴張的沙俄，西邊又是沙俄扶持的小弟哈薩克汗國，東邊又是蒸蒸日上的清朝，無論哪一個，都是現在準噶爾汗國惹不起的存在。畢竟準噶爾汗國別看地盤很大，但實際人口不過百萬，能征戰的大軍也就幾萬人，無法三面抵禦。
更要命的是現在準噶爾汗國還隱隱約約被三國蠶食包圍的威脅，和清朝交戰，沙俄和哈薩克汗國就在西邊蠶食準噶爾汗國領土，和沙俄和哈薩克汗國交戰，清朝又在東邊築城，長期以往下去，準噶爾汗國遲早要被瓜分。
顯然進攻是最好的防禦，漠西統一後，準噶爾汗國已經無力繼續向西推進，只能進攻水草更好的漠北蒙古，這三個惹不起，還打不過一起遊牧過的漠北草原嗎？而攻下漠北後甚至還能染指漠南，恢復成吉思汗時代的榮光。
但噶爾丹忘了如今的漠南蒙古已經成為清朝的核心地盤了，和清朝之前的中原王朝已經截然不同了。清朝之間中原王朝的核心地盤就是適合耕種的關內，長城以外的疆域最大的作用就是拱衛關內。而且在古代統治者看來，能夠種地的才是有價值的土地，如果這個土地什麼都種不了，那就是一種負擔，所以漢唐時期哪怕疆域拓展到了蒙古草原和西域，但對這些地方的管理頂多就是羈縻層次。
畢竟漢唐打了這麼多年，北方的草原依舊還是屬於匈奴人和突厥人的。至於西域，漢武帝開拓西域本來就是為了應對匈奴的威脅的，隨著匈奴勢弱，西域的安全價值驟然降低，到了東漢衰弱的時候更是直接放棄了西域。所以哪怕是漢唐這種巔峰時期，只要不威脅到核心漢地，統治者是不會浪費大量的錢財去攻打的，就算攻下來也是羈縻統治，等王朝衰弱後就開始逐漸捨棄。
但清朝不一樣，清朝在關外崛起的時候，整個漠南蒙古就成為清朝的核心地區了，不管是努爾哈赤還是皇太極，都極力重視對漠南蒙古的統治，甚至在蒙古建立了和清朝一樣的八旗制度，對蒙古進行編戶統治，而清朝皇帝更是漠南蒙古共主，這可是之前王朝從未有過的舉動。也是靠著穩定的後方，清朝才能順利入主中原，可以說清朝的建立本質上是基於滿蒙一體這個基礎，東北和蒙古從一開始就是清朝的基本盤。
而為了鞏固這個基本盤，從皇太極時代開始，清朝就和蒙古不斷聯姻，先後聯姻長達 586 次，這其中又包括 430 名皇室公主出嫁，還有宗室迎娶的 156 名蒙古王公的女兒，滿蒙一體的層次遠高於滿漢一體，是真正被清朝視為家人的。所以在這種情況下，清朝不管是從感情還是實際價值上，都不可能徹底拋棄漠南蒙古的，畢竟籠絡的成本遠高於設防的成本。
而漠南蒙古又和漠北蒙古有著千絲萬縷的聯繫，現在漠南成為自己人，豈有不趁機收下漠北蒙古的道理，畢竟漠北蒙古不收，清朝還得在這裡設防進行長期鬥爭，顯然這不符合統治利益。因此康熙在平定三藩之亂後立即經略漠北蒙古，如此一來，和同樣看上漠北的準噶爾汗國勢必有一戰。只不過相對而言，清朝所處的局勢比噶爾丹有利一點，畢竟清朝勢力遠盛於準噶爾汗國，而且早就對漠南進行了有效的統治，甚至在這個基礎上長期對漠北進行滲透。
如果沒有噶爾丹，康熙就可以不用戰爭就可以逐步獲得漠北的支持，至於噶爾丹，只能靠武力強迫了，既然武力強迫歸順，自然就有人反抗了，所以清准戰爭期間，清朝其實獲得不少漠北部族的支持。當然除了清朝和準噶爾爭奪漠北之外，沙俄也在背後煽風點火，意圖讓清朝和準噶爾鬥起來好坐收漁翁之利。
從康熙二十九年（1690 年）開始，康熙經過三次征討噶爾丹，最終將漠北徹底併入清朝的版圖，只不過獲得漠北後，清朝無力繼續推進準噶爾的核心之地漠西，給了準噶爾汗國一絲喘息的時間。噶爾丹兵敗後，侄子策妄阿拉布坦成為新的大汗，在多年休養生息和沙俄的支持下，準噶爾汗國實力又恢復起來，出於擴張的需求，準噶爾汗國這次還得東進，但清朝又有維護自己對蒙古統治的必要，戰爭是注定的。
而這一次，準噶爾汗國的對手是雍正，雍正這一次不打也得打，畢竟在漠北純遊牧的喀爾喀部是打不過有農耕和手工業的準噶爾汗國的，要是沒有清朝的支持，喀爾喀早晚要被吞併，如此一來，準噶爾汗國又恢復到康熙三征之前的狀態了。只是這一次，雍正依舊未能解決準噶爾汗國，反而在雍正九年（1731 年）的和通泊之戰中，中了埋伏一時間京城旗營家家戴孝，戶戶哀泣，極大威脅了雍正的統治。
好在次年清軍在光顯寺之戰反手就來一個包抄，擊殺萬餘人準噶爾大軍，扳回來一局，但兩場大戰讓清朝和準噶爾元氣大傷，不得不罷兵言和。因而平準噶爾的大業又留給了乾隆，雍正時期的清准戰爭雙方其實打了個平手，邊界還是原來的邊界，但到了乾隆時期，局勢又不一樣了。
說實話到了乾隆時期，準噶爾汗國經過內亂和瘟疫後，已經沒有能力吞併漠北了，對中原的威脅也沒那麼大了，而經過和通泊之戰後，八旗兵厭戰了，幾乎不想征戰，但乾隆力排眾議，趁著準噶爾內部因為爭奪汗位自相殘殺和內部瘟疫泛濫的時候主動出擊，滅了達瓦齊。
而此後攻打阿睦爾撒這場戰鬥其實很多大臣反對的，因為到了這個階段攻打漠西屬於開邊戰，漠西和清朝的關係其實並不密切，勞師遠征付出的代價和收益不成正比。好在此時清朝屬於巔峰時期，完全承受得起遠征的需求，而乾隆又有高超的戰略敏銳度，意識到漠西的戰略價值和安全價值，因而在乾隆的全力征討下，準噶爾汗國徹底消亡。
康雍幹三代和準噶爾大戰雖然遇到的情況不一樣，但作戰的本質都是一樣的，就是取得對漠北的完全統治，畢竟漠南早已成為了清朝的基本盤，甚至清朝也探索出治理成本更低的盟旗制度。漠南在手，漠北自然也要抓在手上，這就和準噶爾汗國有了不可調和的矛盾，至於解決的方式只能靠戰爭。值得一提的是乾隆征討準噶爾汗國後，一直跟著沙俄的小弟哈薩克汗國選擇歸附，成為清朝的藩屬國。
清朝滅準噶爾汗國的意義是非常大的，不僅恢復了漢唐之後失去千年對西域的有效控制，更阻止了沙俄南下的領土擴張的計劃，也徹底奠定了現在中國版圖的基礎。這場橫跨七十年的征討，在今天眼光來看，其實是非常值得的。