說到明治維新之前的日本歷史，很多人的第一印象就是四個字：閉關鎖國，好像那時的日本和同時代的大清沒什麼區別。不過要是認真追究起來，日本和大清還真不一樣。當時的德川幕府雖然頒布了鎖國令，禁絕大部分西洋的貿易和事物，但始終為西洋文化的輸入留了一個洞，這就是在長崎的荷蘭商館。
從 17 世紀下半葉一直到 19 世紀中期，西方的技術和理念透過這裡源源不斷地傳到日本，這讓日本一直有一部分人對西方的先進技術和理念不陌生，直到後來黑船開國，面對撲面而來的西方世界時，日本能夠比較順利地接納西方，完成西化，先前的蘭學積澱有很大的作用。
自從西方大航海時代以來，葡萄牙人很早就到達了日本，並同日本進行貿易往來。他們帶來的火繩槍也成為日本戰國後期大名們趨之若鶩的武器。但是葡萄牙人並不能獲得日本的信任。他們不斷地販賣日本人到印度等地當奴隸，更過分的是葡萄牙傳教士還非常強勢地傳教，這讓日本上層根本無法容忍。
當德川家康最終建立自己的幕府政權之後最終頒布鎖國令，決定同所有天主教國家斷交，並攻擊一切敢於靠近日本近海的外國船隻。但在這樣的嚴令之下，荷蘭人是個例外。一方面荷蘭人是新教國家，同天主教是死對頭，而且整個荷蘭在東方是抱著經商的態度，並不熱衷於傳教，如此態度就讓德川幕府對他們寬容許多。
經過了當年和葡萄牙人打交道，日本上層深知西方的技術兵器遙遙領先於日本，哪怕僅僅是為了維持統治，都有必要留著對西方打交道的口子，所以德川幕府特許荷蘭人在長崎留著商館，跟日本經商。當然，他們的經商和物品資訊交流肯定是被嚴格監視，但至少能做生意了，而且當時的幕府將軍要求荷蘭商人每年一次去江戶，也就是今天的東京，去報告時下西洋的大事情和珍奇之物，這算是官方對荷蘭人的支持。
有了這樣的支持，荷蘭人在日本的商館就能維持下去。當時的荷蘭在西方是強盛發達的國家，他們的技術在很大程度上代表了西方最先進的水準，而且這些技術和資訊在日本也有很多人受用。在當時日本的城市已經有相當多的人口，比如江戶城就有一百萬以上的人口，這些城裡人對西洋的新鮮東西非常感興趣，為此還專門成立了販賣西洋東西的商店，一些有錢的主對望遠鏡之類的東西那是趨之若鶩。
有大量的商品貿易，就自然誕生了交流的需要，於是就有日本人去學習荷蘭語，充當翻譯，不但便利商品流通，也會學習荷蘭人的知識，在當時這些先進的知識被稱為「蘭學」，這代表著和傳統中國和日本完全不同的學問，也是西方人「器物之盛」的根本原因。
蘭學中首先得到發展的是醫學，在當時西方的醫學典籍紛紛由荷蘭傳入，並翻譯成日文，比如講內臟的《藏志》，和涉及人體解剖的《解體新書》，在日本引起了不小的震動。畢竟，當時的日本醫學主流還是基於傳統中醫，圍繞著西洋醫術到底是不是妖術，雙方展開了激烈的爭辯，但在當時的歐洲，對待醫療已經有了科學的態度，一切以事實說話，荷蘭醫生用精確的實驗和解剖讓日本本土醫生啞口無言，而一些日本政府高官面對一些本土醫生束手無策的疑難雜症時，也往往會跑去長崎請荷蘭醫生看病，這讓荷蘭醫學在日本贏得了很好的名譽。而在當時，一些日本人也主動用蘭學的思維去從事醫學事業，到了 1793 年，日本本土醫生寫了《西說內科撰要》一書，聽名字就知道這是日本人主動接納西方醫學的產物。
1804 年，日本醫生華岡青洲借鑑西方的手術理念，在乳腺癌手術時對病人全身麻醉，這是世界上最早的全身麻醉技術，早於西方幾十年。到了十九世紀初，基於西方醫學的學館在日本遍地開花，比如緒方洪庵醫生開設的蘭學館「適塾」，這個學館的畢業生有福澤諭吉和大鳥圭介，往後在日本的近代開化中都起到了非常重要的作用。
除了醫學之外，其他的西方學問也都源源不斷地通過荷蘭傳到日本，比如當時的數學和牛頓力學，蘭學家們翻譯了不少到現在還在使用的詞彙，比如物理，重力，引力，等等等等。只不過蘭學除了引入西方的學術，也必然會引入西方的人文思想，尤其是人人平等的觀念和自由通商的理念，這和日本傳統的等級制和幕府鎖國令是格格不入的，到 19 世紀上半葉，蘭學家們為此而屢遭迫害。
1820 年代，荷蘭東印度公司的德國醫生西博爾德在日本開了個鳴龍塾，傳授醫學知識，也治病救人，在日本深孚眾望。但當時有個叫土生玄碩的醫生為了得到西博爾德的眼科藥方，贈與他葵紋服，這東西是幕府規定絕對禁止贈與外人的，西博爾德因此被驅逐出境，土生玄碩也被迫改易職業。到了 1830 年代，有美國馬里遜號搭載七名日本船難被救起來的漁民進入日本浦賀港口要求通商，反而遭到幕府炮擊。
當時的一些蘭學家批判幕府的鎖國令，直斥其為井蛙之見，從而觸怒了幕府，從而把大批蘭學家投入監獄，並稱蘭學為「蠻學」，此次事件也被稱為「蠻社之獄」，蘭學在日本的傳播遭到了重大挫折。在此之後不久，鴉片戰爭爆發，當時被日本認為東亞老大的大清被英國遠征軍徹底打敗，這讓很多有識之士意識到一味的鎖國根本不可行，而且西方的堅船利炮勢不可擋，當此之時，為了救亡圖存，唯一的出路就是從蘭學中學到西方槍炮的奧秘。
當時長崎的高級官員高島秋帆通過荷蘭人學到了西方最新的槍炮技術，並向幕府上書，呼籲幕府通過蘭學實現火炮的近代化，以防備西方侵犯，這一上書獲得了幕府方面的認可。高島秋帆也被德川幕府招至江戶，並舉行了日本首次西洋炮術演習。
與此同時，薩摩藩就走的更遠了。他們的藩主島津齊興眼看大清敗給英國，憂心忡忡，為了避免薩摩藩遭到類似命運，他在蘭學的基礎上設立了炮術館和製藥所，研究大炮和火藥。後來他的兒子島津齊彬繼任之後，繼續研究西洋軍事。在黑船來航之前，薩摩已經有了初具規模的近代軍事工業，甚至還有了自己的蒸汽風帆混合動力軍艦。
後來日本近代化之後，薩摩藩憑藉著這個底子，成了日本海軍的搖籃。這也是蘭學為日本作出的最後貢獻。當黑船來航之時，荷蘭的國勢已經衰微，代表不了西方最新的技術了，但也正是蘭學的堅持，日本還有一批人對西方比較了解，在命運的抉擇關口，這批人起到了關鍵作用，從而使得日本快速近代化。後來有學者認為，蘭學在其中的作用其實非常重要，這個觀點當然可以討論，但看看比日本閉關鎖國更徹底的大清轉型之艱難，也就唯有一聲嘆息了。
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