建文四年（1402 年）六月，燕王朱棣帶兵進入京師坐上了皇位，歷時四年的靖難之役就此結束。但如何對待建文和他的在位四年就成為朱棣登基前最頭疼的問題。
朱允炆是老父親生前指定的繼承人，自己的靖難本身就站不住腳，誰來說去朱棣還是難逃篡位的名聲，為此他先聲稱建文帝已崩，至於建文帝在哪，他也不知道，只能登基後再悄悄地去找他。而且要比建文遺臣要更早地找到他，免得被那些人利用來動搖他的統治。
除此之外，就是要否定建文帝和他在位四年的歷史，下令取消建文帝的年號，改建文四年為洪武三十五年，就這樣，朱元璋硬生生的「在位」四年，建文朝的事就等於在當時的史書記載裡刪沒了。
朱棣還殘害大批忠於建文帝的大臣，包括齊泰、黃子澄等人的家眷，尤其是方孝孺一家。當然誅十族純屬子虛烏有，但方孝孺一家前前後後因靖難之役死了八百多人口，數字還是相當龐大的，可見朱棣為了穩固自己的皇位屠戮了多少人。
只是取消歸取消，但這段歷史是客觀存在的，那麼如果提到這段歷史該怎麼說呢？很簡單，創造一個新名詞就好了，就這樣記載這段時間的名詞叫「革除年間」，建文的君臣一律稱呼為「賊」。至於建文帝本人，在朱棣一朝，直接直呼「朱允炆」的名諱，這在當時寫個文章起個名都要避諱君王的時代，相當於對建文帝的公開羞辱了。
到了朱高熾時期，對於建文朝的君臣稍微有了一絲變化，在三楊等人的勸說下，朱高熾開始軟化了對建文帝的態度，在撰寫《大明神功聖德碑》的時候，把朱允炆稱呼為建文君，至於建文朝的臣子則改了一個比較中性的稱呼：敵。
同時朱高熾還赦免了建文的遺臣，歸還他們的田地，甚至還給方孝孺正了名，稱呼方孝孺為「忠臣」。為何朱高熾一上來就打了老爹的臉？一是自己皇位已經比較穩固了，其次就是想給方孝孺正名立傳警誡後人，避免後世子孫再犯同樣的錯誤。
有了朱高熾的鬆口，朱棣的好聖孫朱瞻基在修《太宗實錄》的時候直接把朱允炆改為了建文君，從官修史層面上給朱允炆一個體面的稱呼。但年號、實錄這些正統帝王都有的東西朱瞻基還是不能給的，畢竟靖難才二十多年，步子不能邁得這麼大，畢竟這涉及到自家皇位是否得位不正的問題。
有了這兩位的鬆口，後代的帝王慢慢放開了這段歷史，甚至在明英宗時期釋放了被關押五十多年的建庶人。當然明英宗也不是那麼好心，主要是因為自己奪門之變「搶了」老弟和兒子的皇位，必須透過其他方式來證明自己皇位的合法性，赦免建庶人正好迎合了文官們恢復建文君臣的需要。
有了明英宗的開頭，繼位的明憲宗自然繼續放鬆對建庶人的管制，好吃好喝供養建文帝後人。更離譜的是在明孝宗時期，有人提議給建庶人封王，對於這個建議，明孝宗自然否定，畢竟給建庶人封王，就是打朱棣的臉，還威脅燕王一系帝王的合法性，這個洞肯定不會開。
而一些大臣看建文帝雖然沒有同意封王，但也太大的反應，開始商議給建文一個帝王的諡號，相當於嘗試恢復建文帝的帝號，可惜沒能成功。從明武宗時期開始，民間私史開始慢慢對建文時期的事情有了記載。
關於建文帝的行蹤之謎也是從這個時候開始有了多種的說法，比如傳播度最廣的出家說，甚至還有人打扮成高僧的樣子冒充建文帝，可見當時朱允炆削髮為僧的說法在民間極為盛行。當然官方還是對建文一朝事情諱莫如深，民間可以討論，但朝廷內外不允許私自討論。
而等朝廷為建文帝諸臣正名則是到了萬歷時期。隆慶六年（1572 年），萬曆繼位的第二個月就下詔：革除間被罪諸臣，忠於所事，甘蹈刑戮，有死無二，皆我太祖高皇帝所儲養忠臣義士。
這個說辭相當於徹底為建文帝諸臣正了名，也放寬了民間對建文帝其他事情的限制，萬曆這一鬆口，各種野史紛至沓來，甚至《萬曆野獲編》裡記載了朱瞻基是朱允炆兒子這種荒唐的說法。但依舊沒有回覆建文帝的年號，而解開朱棣子孫得位不正心結的人是萬歷年間的禮科給事中楊天民。
他在奏摺裡稱「成祖之嗣服也以戡亂，建文之出亡也以遜國」。也就是朱棣靖難是師出有名的，就是因為建文帝自己因內亂而遜位給他的，就這樣，到了萬曆二十三年（1595 年）的時候，解開心結的萬曆帝這才直接下詔恢復了建文年號，但朱允炆本人不單獨撰寫本紀，而是附在朱元璋本紀的後面。
如果沒有南明，朱允炆的地位大概就是這樣了，但碰巧遇到了南明缺乏法理支持的弘光帝。弘光帝登基的時候不過是偏安一隅，為了獲得故都南京以及周邊區域的支持，弘光帝恢復了被朱棣剝奪廟號的懿文太子朱標興宗的廟號，還給了朱允炆一個惠宗。
實際上朱允炆一開始的廟號其實是神宗，當初駙馬都尉梅殷得知朱允炆身死，根據黃彥清之議為其發喪，追諡朱允炆為孝愍皇帝，上廟號「神宗」。當然這個諡號和廟號朱棣之後的帝王肯定不會承認的，不然也不會給萬曆上神宗的廟號。弘光帝恢復朱標廟號的同時認為朱允炆的原先的廟號和萬曆一樣，於是改上了「惠宗」，同時追諡為孝讓皇帝，諡號也是十七個字，和明朝其他皇帝一樣，相當於徹底認可了朱允炆的地位。
弘光帝此舉就是為了鞏固自己的朝廷，至於是不是掀開老祖宗朱棣篡位的底褲已經不重要了，一切為了維繫自己統治而服務。可以說建文帝從朱棣時期直呼其名到萬歷時期恢復帝位再到弘光時期得到諡號，朱允炆足足等了二百多年。從中也看出朱棣一系後人從不自信到自信的改變，雖然時間相隔很長，稱呼也很離譜，但也算是一個有意思的歷史事情。